La tarea de recuperación y puesta en valor centrada en las dos cúpulas, las bóvedas de cañón y los laterales de la Galería Güemes comenzaron en 2004, y no habían concluido en 2008. Las cúpulas, que llevan sobretecho de vidrio para mejor protección, estaban recubiertas por capas de material cementicio que al retirarse dejó a la vista la estructura original, que se restauró. Tanto en las cúpulas como en las bóvedas de cañón de las naves, todos los elementos originales se repararon y los faltantes de los que se encontraron originales se reejecutaron.Ya colocados, se trataron con pintura epoxi, se montaron los nuevos vidrios laminados curvos de seguridad con tratamiento de color, plastificados en horno y esmerilados en su cara interior. Complementariamente se limpiaron los mármoles, granitos y bronces, se recuperaron frescos y murales y, donde habían desaparecido, se rehicieron a partir de imágenes computarizadas. Sobre el frente interior del tramo sobre Florida se colocó un muro cortina espejado desde la base del primer piso hasta el cierre de la bóveda, que evita las vistas hacia el sector reconstruido en hormigón tras el incendio de los años ‘60. y devuelve la imagen de la cúpula restaurada.